本发明公开了一种农田排水的控污减排方法，包括以下步骤：在农田排水侧设置排水沟，排水沟的边坡上设置固化护坡，在护坡上种植湿生植物，在排水沟沟内布置沉水藻类植物；在排水沟内分段设置水位控制闸，根据田间高程变化情况控制排水沟内各段水位的高度；在排水沟的下游连接排水河道，在排水沟与排水河道的连接处设置分流控制阀，该分流控制阀具有进水口、溢流口以及透水口，在透水口连接一透水管，该透水管埋设在排水河道岸坡内。与现有技术相比，本发明有效拦蓄并净化农田的排水，一方面可以起到沉淀的作用，同时种植的湿生植物也能充分吸收水中的氮磷污染离子，并通过抬高地下水位，使水稻利用部分地下水，提高水的利用效率。