下设粮食作物、经济作物、园艺、土肥、植保、微生物、核技术与生物技术、农机化、品种资源、农业经济与科技信息、测试中心、长绒棉等13个研究所(中心)、1所职工大学、10个试验场(站)，并设有国家棉花工程技术研究中心。