福建物构所设有结构化学国家重点实验室、国家光电子晶体材料工程技术研究中心、中科院功能纳米结构设计与组装重点实验室、中科院光电材料化学与物理重点实验室、中科院煤制乙二醇及相关技术重点实验室、福建省纳米材料重点实验室、福建省纳米材料工程实验室、福建省激光技术集成与应用工程技术研究中心、福建省光电子晶体材料与器件行业技术开发基地、福建省光电子晶体材料及器件产业技术创新联盟等10个科技创新平台以及结构化学基础研究室、纳米材料研究室、理论与计算化学研究室、晶体材料研究室、材料化学与物理研究室、激光工程研究室、化学生物学研究室、应用化学研究中心、先进材料研究中心等10个研究室(中心)，培植了福晶科技股份有限公司、通辽金煤化工有限公司、福建创鑫科技有限公司、福建中科华宇科技发展有限公司、福建中科万邦光电科技和青岛海泰光电科技等十多个高科技企业。