本发明涉及农药除草剂领域，特别公开了一种防除养殖海参区水生杂草的复配药剂及制备方法和应用。该防除养殖海参区水生杂草的复配药剂，由以下重量百分比的组分制成：扑草净5～90％、苄嘧磺隆0.5～5％、脂肪醇聚氧乙烯醚5～10％、十二烷基硫酸钠1～5％、余量为填料。本发明防除养殖海参区水生杂草的复配药剂及制备方法和应用的有益效果是：将两种不同机制的药剂复配，能够减少一种药剂的用量，有助于安全和延缓水生杂草的抗性，大大提高防除水生杂草的效果，高效经济，省工省时，操作性强，快速彻底，能安全有效地防除养殖海参区内水绵等杂草对海参进行严重甚至毁灭性危害。