本发明公开了一种Gleevec耐药的胃肠道间质瘤细胞系及其方法及裸鼠移植瘤模型。由Gleevec耐药的胃肠道间质瘤（GIST）组织行原代细胞培养,建立了GIST-916耐药细胞系。GIST-916细胞系有以下特诊：倒置显微镜下呈互不重叠的单层，细胞生长呈成纤维细胞状，为长梭型。GIST-916对Gleevec具有较强的耐药性，在药物浓度在0.05-3μM之间时对细胞系的生长基本没有明显影响，3-5μM时受到轻度影响。GIST-916细胞系包含KIT基因exon11？V559D原发突变和exon13？V654A继发突变。GIST-916耐药移植瘤呈混合细胞型，部分区域可见横纹肌肉瘤分化，横纹肌肉瘤分化区域CD117阴性表达，但是Desmin弥漫阳性表达。本发明通过建立胃肠道间质瘤Gleevec耐药的细胞系作为平台来揭示GIST的耐药机制、逆转耐药以及开发和评价新的抗癌药物等。