本发明提供了一种新型的胚胎干细胞特异性标志物Aire及其应用。本发明以自身免疫调节因子Aire序列中由C末端的部分氨基酸序列组成的多肽偶联载体蛋白KLH作为免疫原，制备的Aire多克隆抗体，以及直接以胚胎干细胞作为免疫原制备的兔单克隆抗体Glut3和/或GM-CSFRα，作为干细胞鉴定试剂，检测的特异性和灵敏度更高，且可用于胚胎干细胞的分离和活性检测。包含上述Aire多克隆抗体、兔单克隆抗体Glut3和/或GM-CSFRα的胚胎干细胞检测试剂盒除了用于鉴定胚胎干细胞全能性以外，还可同时用于检测干细胞活性，拓展了检测试剂盒的功能。