本发明涉及一种自动上瓶系统，特别涉及一种口服液灭菌自动上瓶系统，属于医疗器械领域。包括机架，电机和电气控制系统，机架（2）固定理瓶台支撑架（7），理瓶台支撑架顶部设置理瓶机构（5），理瓶机构一端与推瓶机构（8）相对应，理瓶机构（5）另一端与灭菌盘（4）的一端相对应，灭菌盘的另一端与挡瓶机构（1）相对应，灭菌盘（4）和理瓶机构（5）之间设置灭菌盘挡杆（14），灭菌盘挡杆顶部安装挡杆自动取放机构（13），灭菌盘设置在灭菌盘输送单元（3）顶部，灭菌盘输送单元设置在机架上部。本发明可实现口服液西林瓶的自动理瓶、自动上瓶以及开式灭菌盘挡杆自动取放、提高了生产效率、降低了劳动强度和生产成本低。