本发明涉及一种监控电子束扫描仪缺陷检出率的方法，包括如下步骤：在CMOS晶圆的第一区域建立三个测试单元；在第一测试单元垂直形成多个第一连接孔并在其中填充金属，在第二测试单元垂直形成多个第二连接孔并在其中填充金属，在第三测试单元垂直形成多个第三连接孔并在其中填充金属；其中，第一连接孔底端连接PMOS区，第二连接孔底端连接NMOS区的有源区，第三连接孔底端连接NMOS区的栅极区；以电子束扫描仪分别扫描第一、第二和第三测试单元，分别通过与第一、第二和第三连接孔的标准灰度的比对来检测第一、第二和第三连接孔并记录各自的检出率；更换下一枚CMOS晶圆，重复进行以上步骤。该监控方法更加准确可靠，利于在半导体行业领域内推广。