本发明涉及一种富含DHA的华贵栉孔扇贝新品系的培育方法及其应用。该培育方法包括选种、培育F1代家系和培育F2代新品系，经过2代定向选育，培育出富含DHA的华贵栉孔扇贝新品系。本发明还提供了所述育种方法在其他贝类新品种培育中的应用。本发明从感官色泽、营养角度培育养殖贝类新品系，培育的华贵栉孔扇贝新品系不仅色泽美观，贝壳、闭壳肌和外套膜均为橙色，而且体内组织富含DHA，具有显著的经济价值、保健价值和药用价值，市场前景广阔。