本发明公开了一种利用空心光子晶体光纤制备光阱的方法及装置。空心光子晶体光纤的两端与两根单模光纤出射端熔接，然后利用相向传播的两根单模光纤中出射的基模高斯光束，将球状微粒束缚在空心光子晶体光纤的空心纤芯中，球状微粒因此在光阱中达到受力平衡；改变不同单模光纤中光功率的大小，改变球状微粒受到的光阱力，控制球状微粒的加速度和运动位移。装置包括光纤光阱系统的基片、两根单模光纤、一根空心光子晶体光纤、耦合器、光强调制器、激光器、光电图像探测器、计算机等。本发明提高了激光光束的能量利用率及激光光束的对准精度，避免在液体中布朗运动对球状微粒运动状态的影响。