本发明公开了一种微源并网电能质量控制系统控制方法，通过在UPQC的串联有源电力滤波器侧的耦合变压器原边并联一个比较大的限流电感，在UPQC的直流大电容侧并联光伏发电电源。通过其协同控制作用，在正常工作时，光伏电源并网发电，通过UPQC的并联型有源电力滤波器向电网提供有功，同时UPQC对来自负载侧的谐波电流和来自电网侧的电压波动及谐波电压进行治理及补偿。在负载侧出现短路故障时UPQC主电路退出运行，耦合变压器副边呈现高阻抗，从而通过并联的限流大电感限流。本发明的方法实现了微网并网运行时故障限流、谐波处理、电压支撑、光伏发电等功能，实现了对微网并网时电能质量的优化保护运行。