一种仿雁群扑翼飞行系统，包括鸟首、机身、第一扑翼、第二扑翼、第三扑翼、尾翼、薄膜太阳能电池组件、DC-DC变换器、蓄电池和微控制器，由微控制器控制三对扑翼同步扑动，在每个扑动周期中，第二扑翼利用第一扑翼产生的尾涡和第三扑翼利用第二扑翼产生的尾涡，减少飞行阻力；薄膜太阳能电池组件和蓄电池给仿雁群扑翼飞行系统供电。本发明由三对扑翼提供动力，大幅提升了承载能力；使用薄膜太阳能电池组件和蓄电池联合供电，有效延长了仿雁群扑翼飞行系统的续航时间。