本发明公开了一种红翎菜外植体的消毒方法，包括如下步骤：以红翎菜的四分孢子体作为外植体，将外植体冲洗干净后在添加1-5μg/L的环丙沙星和50-90μg/L土霉素的VS培养液中培养24h，然后用体积浓度为0.1-0.5%的次氯酸钠溶液消毒2-5min，然后用灭菌海水冲洗数次。经本发明方法，可以获得80%的无菌外植体，为红翎菜组织培养提供充足的无菌外植体。