本发明公开了一种红球菌菌株及其在印染废水处理中的应用，红球菌菌株，命名为红球菌（Rhodococcus corynebacterioides）ZHY1-4，保藏号为CGMCC No.8172；由红球菌菌株制成微生物菌剂；本发明的红球菌ZHY1-4及由该菌株制备得到的微生物菌剂用于处理高盐印染废水的处理或者印染废水的深度处理，对多种高盐印染废水及印染废水的深度处理有较好的处理效果，对COD和氨氮都有较好的去除效果。