本发明涉及细胞工程组织培养技术领域，旨在提供一种有效保存黄菖蒲胚性愈伤组织的方法。该种有效保存黄菖蒲胚性愈伤组织的方法包括步骤：材料采取、愈伤诱导培养、胚性愈伤组织的筛选与保存。本发明以黄菖蒲幼嫩胚为外植体，污染率极低、愈伤诱导率高、愈伤胚性好，繁殖系数高，同时解决了黄菖蒲愈伤组织保存中易褐化和分化等严重问题，实用性强，操作简便，推广性好。