本发明公开了一种酵母废水深度处理脱色方法，具体方法利用臭氧曝气处理，同时辅以催化剂的作用，可以使出水色度优于《酵母工业水污染物排放标准》GB25462-2010中的排放要求（50倍），同时有效降低了臭氧的投加量。本发明改变了酵母行业废水深度处理系统依靠化学沉淀方法去除色度的现状，解决了由化学沉淀法带来的化学污泥量大、处理成本高，且色度难以实现达标的的问题，本发明工艺可操作性强，适用于国内酵母企业关于脱色问题进行的工程改造项目及新建项目。