本发明公开了一种醌基淀粉功能材料的制备方法及其应用，属于环境工程、化学工程、材料工程领域，采用的技术方案是，选用来源丰富、链结构简单、无生物毒害性、性能稳定、易于改性的淀粉作为载体材料通过化学接枝方法固定醌类化合物，并将制得的醌基淀粉应用于加速高氯酸盐微生物降解过程。本发明的有益效果是：(1)将醌类化合物通过化学接枝方法固定到淀粉大分子骨架上，固定工艺简单，稳定性好、醌基不易流失，有效减少二次污染；(2)原料便宜，生物相容性好，生产成本低，易于在实际中应用；(3)将醌基淀粉应用于加速高氯酸盐微生物降解有良好的催化效果；(4)扩展了醌基修饰淀粉的功能材料的应用领域。