本发明公开了一种耐重金属微生物菌剂及其制备方法和应用，菌剂的制备方法包括：(1)将保藏号为CGMCC No.6820的醋酸钙不动杆菌(Acinetobacter calcoacetcus)和保藏号为CGMCC No.6821的铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)活化后分别在液体培养基中进行液体培养，得菌液A和菌液B；(2)将菌液A和菌液B混合后接种至固体发酵培养基上，28～38℃通风搅拌发酵24～48小时，真空干燥后得耐重金属微生物制剂。本发明的微生物菌剂不仅可去除部分重金属离子，还可以去除大部分有机污染物。