本发明涉及环境保护技术领域，特别涉及一种自然水体修复药剂及其制备方法。于10～65℃条件下将包络剂和隔离材料溶于氯仿或四氯化碳等有机溶剂中压制成槽，再投加一定量的释氧剂和促进剂二次成型，使各有效组分按需分布并回收有机溶剂，制成一定形状的复合制剂。其中原料组成质量百分比为：释氧剂68％～90％、促进剂0.5％～12％、隔离材料5％～14％、包络剂0.05％～6％。本发明的复合药剂在无水环境下完成制备，各组分非简单混合分布，避免了有效氧和促进剂的浪费。用于地表水及底泥的生物修复，可长期稳定有效地增加水体的含氧量，刺激土著微生物生长，从而提高水体自净能力。