本发明公开了一种循环冷却水生物粘泥控制剂及其应用方法，其中，所述生物粘泥控制剂含有杀菌剂、生物表面活性剂和渗透剂。本发明提供的生物粘泥控制剂可以对循环冷却水系统的设备和管道进行有效的生物粘泥控制，并可在提高循环冷却水系统粘泥控制效果的同时降低杀菌剂的用量，使用可生物降解、环境友好型的生物表面活性剂替代化学合成表面活性剂进行粘泥剥离，从而减少循环水加入化学合成药剂带来的排水环境污染。