本发明涉及一种微生物菌群母液培养箱，包括外箱、水箱、给氧装置、给水装置、排污装置和生物填料层，生物填料层包括下沉式生物填料层、悬浮式生物填料层和上浮式生物填料层，下沉式生物填料层、悬浮式生物填料层、上浮式生物填料层均包括多个生物填料，下沉式生物填料层、悬浮式生物填料层、上浮式生物填料层自下至上依次设置在生物填料仓中。生物填料层设置下沉式生物填料层、悬浮式生物填料层、上浮式生物填料层，各层中生物填料在本层中的上下浮动则依然在相对应的静压范围内，能够给各类微生物创造较为稳定的繁殖生长环境，适于各类微生物的繁殖生长，大幅度提高了微生物的培养效率，大幅度提高了污水处理的效果，而且结构也相当简单。