本发明涉及一种紫草根的提取方法，包括：使用低级醇水溶液对紫草根原料进行提取得提取液；将提取液采用超滤膜进行过滤，收集清液并浓缩得粗提物；将粗提物稀释后通过大孔吸附树脂进行分离，收集洗脱液并浓缩。本发明还涉及所述提取方法得到的提取物及其用途。本发明还涉及包含了所述提取物的药物组合物及其用途。本发明提供的提取方法操作简便、条件温和、成本较低，且提取效率高，所得的提取物中总黄酮的浓度达到了50%以上。本发明提供的紫草根提取物及其药物组合物中，总黄酮含量较高，具有极好的抗辐射作用。