一种肿瘤标志物FOXP3抗原多肽及应用，属于免疫学技术领域，本发明提供了一种免疫应答调节基因FOXP3的抗原氨基酸序列。应用FOXP3多肽抗原检测肺癌和食管癌患者血中相应的特异性抗原表位，这种抗原表位可作为为肿瘤标志物评估肺癌和食管癌发生的危险度。这种抗原多肽及其抗体可用于制备肿瘤早期诊断试剂和开发治疗肿瘤的靶向药物。