本发明提供一种用于定量分析依诺肝素钠特征性寡糖结构的毛细管电泳方法。本方法用于定量测定经肝素酶I、II、III混合溶液完全降解依诺肝素钠后产生的二糖、三糖、四糖，以及具有依诺肝素特有的标志性结构的1，6成环寡糖的含量，从而定量测定出依诺肝素钠1，6成环率。本方法可以用于依诺肝素钠药物生产过程中的质量控制。