本发明公开了一种水生养殖动物呼吸代谢测定装置，包括位于控温箱内的支架，支架自上而下至少包括三层，第一层设有储水箱，第二层设有置样盒，第三层为供取样瓶放置的镂空架，所述置样盒内部通过一高度小于置样盒内顶高的隔板分割成彼此顶部连通的前房与后房两部分，前房与储水箱通过上设阀门的进水管连通，后房对外接出上设阀门的出水管，出水管对准取样瓶。控温箱保证整个实验的环境温度恒温并可控，降低外界环境的变化对实验结果的影响；由于置样盒的前后房设计，使本发明只要控制对应管道的阀门开启时机，即能既可用于静水式实验，又适于流水式实验。本发明结构简单，容易实施，且通用性广，可进行渔业资源生物呼吸代谢测量实验。