本发明公开了一种基于药物组合网络的药物联合作用预测方法。构建药物组合网络DCN，利用药物组合网络DCN整合药物协同作用组合信息、药物-靶标相互作用信息、以及靶标蛋白质-蛋白质相互作用信息；将两种药物的靶标分别映射到药物组合网络DCN上，确定联合作用药物在药物组合网络中的邻接群，确定邻接群的拓扑网络特征和生物学功能关系特征。将邻接群的拓扑网络特征和生物学功能关系特征进行整合。确定基于整合的邻接群的特征向量，建立基于支持向量机SVM的药物联合作用效果预测模型，采用支持向量机分类算法，用于预测两种药物的组合是否产生协同作用。本方法可准确地预测新的药物联合作用，对于加快开发新型药物联合治疗方案具有重要价值。