本发明属于纳米材料抗肿瘤药物技术领域，公开了一种高效低毒、纳米硒负载的靶向抗肝癌纳米粒子及其制备方法和在制备抗肿瘤药物中的应用。该纳米粒子通过还原剂还原得到纳米硒，并负载anisomycin和透明质酸。本发明首次利用纳米硒负载细菌来源的anisomycin，提高其溶解度、稳定性和吸收率，降低使用剂量；同时利用透明质酸的多糖骨架结构选择性引导分子靶向到达肝脏肿瘤，特异性杀伤肝癌细胞，特别是肝癌干细胞，从而达到特异性杀伤肝脏肿瘤细胞的目的，在有效用药剂量范围内降低对正常细胞的毒副作用。本发明制备简单，原料廉价易得，过程无需添加其它辅助试剂，产品可直接保存和使用。