本发明涉及一种磁悬浮钢轨异金属结构防腐处理方法。该方法包括对铝合金型材表面和F型钢导轨表面进行清理，清除其表面的附着物以及锈蚀和氧化层；对与F型钢导轨相接触的铝合金型材的表面涂装富铝涂料，对与铝合金型材相接触的F型钢导轨表面涂装锌基涂镀涂料；涂料涂装处理后，将铝合金型材和F型钢导轨按照现有技术与H型钢轨枕进行装配。在铝合金型材与F型钢导轨之间形成富铝涂层∕锌基涂镀涂层两层保护层，对铝合金型材与F型钢导轨之间的电偶腐蚀起到阻断作用，增加了磁悬浮钢轨的抗腐蚀能力，延长使用寿命。