一种柔性半导体薄膜电子器件的封装工艺，包括制备水氧阻隔层工序，所述水氧阻隔层由一组或一组以上的水氧阻隔单元叠置而成；每组水氧阻隔单元包括一层有机阻隔层和一层无机阻隔层，所述有机阻隔层表面具有凹凸不平的形貌结构，所述无机阻隔层设置于所述有机阻隔层上表面。有机薄膜表面凹凸不平的形貌结构为规则的图案或者不规则的图案。有机阻隔层通过光刻的方式或者通过物理压印的方式或者添加颗粒物形成表面凹凸不平的形貌结构。有机阻隔层表面凹凸不平的形貌结构为矩形结构或者为锯齿形结构或者为弧形结构。本发明制作工艺简单、水氧阻隔性能优良，既可以保持器件薄的厚度，又可以获得良好的水氧隔绝性能。