本发明公开一种畜禽发酵饲料、制备方法及使用方法，所述饲料原料按重量份由纯净水、红糖、麦麸、豆粕粉、复合菌组成；所述复合菌为含有面包酵母菌和2倍面包酵母菌重量的嗜热链球菌的复合菌；所述面包酵母菌的活性酵母菌数为100×10⁸cfu/ml，分解饲料中的霉菌毒素，消除霉菌毒素的隐性危害；能使兽体内的宿便尽快排出体外，分解粪便中的氨气、硫化氢、二氧化硫等有害气体；能有效地改善肠道系统，提高饲料的利用率，并且诱畜禽免疫系统中的多种细胞免疫因子的产生，促进干扰素、抗体的生成；减少抗生素使用，降低药物对动物的危害；长期使用该发酵饲料能提畜禽的抗病力、增强兽的免疫力，并使群体发病率下降95%左右。