本发明提供的是一种基于核典型相关分析的固有不规则蛋白质结构预测方法。（1）提取待预测蛋白质的结构特征和生化特征作为识别特征，所述结构特征指采用窗口法得到的蛋白质预测位点周围氨基酸的组合频率，所述生化特征指蛋白质预测位点氨基酸的Russell/Linding值、疏水性、极性和带电性；（2）采用核典型相关分析法对所提取的特征数据进行映射和融合，获取更有利于蛋白质结构识别的特征数据，核典型相关分析法的核函数采用径向基函数；（3）基于更有利于蛋白质结构识别的特征数据，进行蛋白质结构识别和预测。本发明的预测精度得到有效提高，有助于为固有不规则蛋白质的发现和确认提供前期依据，并为生物制药的研制提供基础。