本发明提供一种百合组织培养中脱除外植体内生菌的方法，通过预处理、内生菌浸出、表面消毒、接种培养、连续消毒，采用无菌去离子水浸泡百合外植体，可以使外植体表层细胞破裂，内生菌溢出，易于清除。并采用连续表面消毒，消毒三次后百合外植体的内生菌污染率可以控制在5%左右，为百合组织培养产业解决了内生菌污染严重的问题。该种百合组织培养中脱除外植体内生菌的方法，能够有效的杀灭百合鳞片中的内生菌，为百合的组织培养提供了一种易操作、效果好的外植体制备方法，且在整个过程中较大程度地节约材料、降低成本，并能够最大限度的脱除百合外植体中的内生菌，与常规的方法相比大大的节省了百合外植体，减少了人力物力的投入。