本发明公开了一种温室甲鱼养殖废水处理方法。本发明以强化生物过滤系统和深液流水培蔬菜床为核心，将生物和生态处理有机结合，具体步骤为：温室甲鱼养殖废水首先进入快速沉淀池，去除废水中的悬浮物；再进入强化生物过滤系统，去除可降解性有机物和氮磷等污染物，尾水自流进入深液流水培蔬菜床深度处理，蔬菜生长吸收和根系微生物协同作用，氮磷进一步脱除。本发明工艺简单，管理维护方便，效果稳定，运行费用低，经济效益显著。