本发明公开了一种抑制空调冷却水军团菌的装置和方法。本发明装置采用特殊的填料技术，并控制暗光条件，构造出有利于硝化菌等好氧有益微生物生长的环境，采用“在线筛选、在线培养有益生物，在线处理水体”的方法，构建微型生态系统，消化水体中的污染物，从根本上消除小球藻类生长的营养基础，抑制藻类生长，破坏军团菌的宿主阿米巴原虫赖以生存的环境，从而达到抑制空调冷却水军团菌生长、水质改善、无害化治理的目的。本发明净化空调冷却水的同时，无污泥、无藻类产生，无化学添加，不造成二次污染。本发明抑制空调冷却水军团菌的装置占地面积小，管理简单，节约能耗，实现了水体就地净化处理、高效处理的目的。