本发明公开了一种城市尾水复合消毒药剂及其应用，以重量百分含量计，由如下组分制成：复合群体感应抑制剂20～40%；次氯酸钠20～40%；表面活性剂20～30%；无机高分子混凝剂10～20%；复合增溶剂0～20%。本发明以群体感应抑制剂为主，与具有消毒、杀菌、混凝等功能的次氯酸钠、表面活性剂和混凝剂经复配制成，本发明的复合消毒剂用于城市尾水的深度处理，能提高消毒杀菌效力，且更加安全、环保和高效。