本发明属于含氮废水处理领域，公开了一种利用酸中和残渣和脱水铝污泥处理含氮废水的系统及方法。该系统包括酸中和残渣装置和脱水铝污泥装置，酸中和残渣装置设置在脱水铝污泥装置的上方，且酸中和残渣装置的底部高于脱水铝污泥装置的顶部，该酸中和残渣装置的底部和该脱水铝污泥装置的底部通过管道连通，该管道上靠近脱水铝污泥装置的位置处设置有阀门；该系统还包括储水池，储水池与所述的酸中和残渣装置上端连通的管道上设置有第一水泵、储水池与脱水铝污泥装置上端连通的管道上设置有第二水泵。本发明利用酸中和残渣和脱水铝污泥作为反应介质，通过构造两级滤池，实施含氮废水的交替运行，实现了氨氮和总氮的高效去除。