本发明公开了一种自由空间光通信系统的控制装置，其包括光接口，其还包括电接口和通讯接口，当本地管理时，该通讯接口通过一电平转换装置与电接口相连；当远程管理时，该通讯接口依次通过放大驱动装置、电-光转换装置与光接口相连。本发明还提供了一种自由空间光通信系统的控制方法。本发明自由空间光通信系统的控制装置采用电接口与光接口结合的模式，不仅可以解决引雷问题，而且可以降低成本。