本发明属生物技术领域，涉及直接凝血酶抑制剂多肽及其用途。本发明在 RGD-Hirudin 的结构基础上，将其分子截短，获得直接凝血酶抑制剂小分子多肽Peptide 1和Peptide 2；经测试及动物实验，结果表明，所述多肽Peptide 1和Peptide 2为凝血酶直接抑制剂，具有抗凝血酶活性，其药物作用靶点明确，对其它凝血因子没有作用，可进一步制备口服或皮下缓释抗凝药物，尤其适用于预防血栓性疾病；本发明所述多肽还可作为直接凝血酶抑制剂的候选药物进行深入研究，为开发出新型直接凝血酶抑制剂奠定基础。