本发明公开了一种灯盏花素磷脂复合物自微乳组合物及其制备方法，该组合物是先将灯盏花素与磷脂制备成灯盏花素磷脂复合物，再将灯盏花素磷脂复合物溶于适量低沸点有机溶剂中，然后加入油相、乳化剂、助乳化剂，通过磁力搅拌、超声或者通过高压均质机或微射流均质机循环均质2-10次，混匀后减压浓缩即得。该组合物克服了水难溶、油难溶性药物灯盏花素溶解度低、生物利用度低、载药量低等方面的问题，大大提高了药物的稳定性。本发明制备方法简单，工艺成熟，适合工业化生产。