本发明涉及一种利用柠檬酸杆菌在厌氧和好氧下净化含四价硒污水的方法，该方法是以美国模式培养物集存库购买的柠檬酸杆菌Citrobacter？freundii,StrainY9为菌种，在厌氧和好氧条件下将柠檬酸杆菌接种到含四价硒污水中，柠檬酸杆菌以柠檬酸钠、醋酸钠或硝酸钠作为电子供体，废水中四价硒为电子受体，经过生化处理后，柠檬酸杆菌Citrobacter？freundii,StrainY9将四价硒还原成元素硒，达到在厌氧和好氧条件下去除污水中四价硒的目的。该方法工艺简单，操作方便，处理成本低，处理范围大，无二次污染。