本发明公开了一种基于组织机构的即时通讯数据处理方法，包括步骤：步骤一、服务器系统对用户查看的用户范围权限进行限定；步骤二、连接服务器系统与考勤机，根据其即时岗位状态选择消息接口中的沟通方式编辑信息发送到服务器；步骤三、服务器对消息数据进行解析，同时将消息数据按分类批量存储在消息服务器中；步骤四、服务器向到达终端用户发出弹出式消息提示表单；步骤五、高级别权限用户调用数据权限接口进入消息管理系统，对正在沟通的消息或历史消息数据进行管理；步骤六、消息服务器按设定的时间间隔将存储的消息数据导入历史数据库表中。本发明可以实现组织内的有效沟通和管理，提高了工作效率，降低了企业风险，节约了沟通成本。